(출처: CBS)

이단 문제는 주로 장재형 목사와 알파코스에 대한 논의들이 있었다. 예장 합신총회는 한국교회에 널리 퍼져있는 목회 프로그램 '알파코스'에 대해 논의를 했는데, 이단규정은 보류하고 참여를 금지하는 것으로 결론지었다.

또 예장합동복음교단을 설립한 장재형 목사와 장 목사가 설립한 인터넷신문 '크리스천투데이'에 대해서는 이단요소가 있으므로 극히 경계하고 교류를 금지하기로 결의했다.

예장 통합총회도 크리스천투데이와 교회연합신문, 기독교초교파신문 그리고 세계복음화신문과 크리스챤신문 등 5개 교계 신문사를 이단언론 또는 이단옹호언론으로 분류했다. 오랜 전통의 초교파 주간신문 '크리스챤신문'이 포함된 것이 눈에 띤다.

통합총회는 또 통일교 핵심인사였으며 재림주 의혹을 받고 있는 장재형 씨에 대해서도 예의주시하며 경계해야 한다는 보고서를 채택했다.