신의침묵(사일런스)은 엔도 슈사쿠의 대표작 <침묵>을 원작으로 한 영화다. 17세기 일본의 가톨릭 탄압을 배경으로 한 이 영화는 이시이 데루오 감독의 <도쿠가와 여자의 형벌> 3번째 에피소드의 가톨릭 신자들을 고문하는 장면처럼 잔혹한 처벌 장면을 도입부에서 보여준다.

십자가에 매달린 서양 신부들은 피부에 화상을 입을 만큼 뜨거운 물이 조금씩 뿌려지는 고문을 견뎌낸다. 그리고 페레이라 신부. 독실한 신자인 페레이라 신부가 일본에서 사라졌다는 말에 그의 제자였던 로드리게스와 가르페는 스승을 찾기 위해 일본을 향한다.

로드리게스는 스승이 믿음을 버렸을 거라는 추측을 믿을 수 없다. 신부가 되기 위한 과정은 고통스러우며 자신의 모든 것을 주님에게 바치는 일이다. 헌데 그런 수련을 견뎌내고 자신들을 이 길로 이끌어준 페레이라 신부가 하느님을 버렸다니. 그건 믿을 수 없는 일이다.